מטרות האיגוד הינן:

• קידום ופיתוח רפואת העיניים הישראל,
• קביעת סטנדרטים מקצועיים,
• ייצוג המקצוע מול גופים ציבוריים ומקצועיים (משרד הבריאות, הר"י, צה"ל, וכו'),
• יצירת ארגון-גג לחוגים השונים ברפואת עיניים,
• עידוד פעילות הוראה ומחקר,
• טיפוח הקשר בין כלל חברי האיגוד וכן בין רופאי בתי החולים והקהילה,
• ניהול קשרים עם ארגונים בינלאומיים.