מאמר מערכת: מטהגנומיקה קלינית לכיבי קרנית מזוהמים 

תקציר: פרופ' מרדכי רוזנר

בשנים הבאות, קבוצה מתפתחת של טכנולוגיות מולקולריות יקראו תיגר על הפרדיגמות האבחנתיות הנוכחיות בתחום המיקרוביולוגיה הקלינית. ביניהן, למטגנומיקה קלינית clinical metagenomics יחד עם next generation sequencing (NGS) יש להקדיש תשומת לב רבה כי היא מאפשרת sequencing מקביל ומאסיבי של חומצות גרעין המצויות בדגימות מורכבות.

היתרון התאורטי של גישה בלתי מוטה כזו לזיהוי פתוגן נעוץ בפוטנציאל חסר התחרות שלו להקל על בדיקת רגישות לאנטיביוטיקה, אפידמיולוגיה מולקולרית, וניטור התפרצויות מחלה, כשהכול מושג בבדיקה אחת. 

עבור רופאי העיניים המטפלים במחלות עיניים זיהומיות, הצורך בבדיקות רגישות ומהירות יותר מורגש במיוחד עבור כיבים בקרנית, בהם שיטות הבדיקה הנוכחיות נכשלות בזיהוי הפתוגן ביותר ממחצית מהמקרים.

מזה זמן חזו שבדיקות NGS יהיו הפתרון למגבלות המיקרוביולוגיה הקונבנציונלית המבוססת על תרביות.

אולם, עבור המאמצים לשלב בדיקות NGS בטיפול בזיהומי קרנית, הקלינאים, המיקרוביולוגים ואנשי הביואינפורמטיקה צריכים להיות מוכנים לשטף של עיבוד מידע מורכב מאד, רובו זר ולא מוכר לקלינאים, ודורש יכולת מחשוב אדירה עבור כל בדיקה.

במאמר המבוסס על תיאורי מקרים, מובלטים המכשולים האינהרנטיים הקשורים בעיבוד המידע, אשר עלולים לעכב את הכנסתNGS  לטיפול בכיבים זיהומיים בקרנית.

החוקרים היו מארצות הברית: מבית הספר לרפואה הרווארד בבוסטון, מסצ'וסטס, ממחלקת העיניים של האוניברסיטה של קליפורניה בסן פרנציסקו, ממחלקת העיניים של אוניברסיטת וושינגטון בסיאטל ובסנט לואיס, ומבית הספר לרפואה Geisel בדרטמוס, הנובר. 

מסקנתם היא שההצלחה בתרגום מטהגנומיקה קלינית תהיה תלויה בצורה שתופק תועלת הגיונית מהמידע שיופק בבדיקות אלה ויובנו המשמעויות של הכללתו בטיפול הקליני השגרתי.